Ústav matematiky je garantem těchto šesti akreditovaných studijních programů:

• B-MAI-P Matematické inženýrství - tříletý bakalářský studijní program (v českém jazyce)
• N-MAI-P Matematické inženýrství - dvouletý navazující magisterský studijní program (v českém jazyce) 
  • přijímáme absolventy bakalářského studijního programu Matematické inženýrství
  • přijímáme absolventy matematických studijních programů jiných univerzit
  • přijímáme absolventy bakalářského studijního programu Základy strojního inženýrství, kteří si v rámci svého bakalářského studia zapíší a absolvují předměty:
    • zimní semestr:
      • SA1 Matematická analýza I
      • SLA  Lineární algebra
      • SDM Metody diskrétní matematiky (*)
      • S1P Pravděpodobnost a statistika I (*)
      • SPD Parciální diferenciální rovnice (*)
    • letní semestr:
      • SOA Obecná algebra (*)
      • SDG Diferenciální geometrie
      • SU1 Funkcionální analýza I (*)
      • SOP Optimalizace I
      • SP2 Pravděpodobnost a statistika II
    • doporučení pro strojaře, kteří chtějí studovat navazující magisterské Matematické inženýrství:
      • ​zvládnout všechny předměty Základů strojního inženýrství za 3 roky bakalářského studia
      • naplánovat si odevzdání bakalářské práce o rok později a v tomto roce "navíc" si zapsat a absolvovat výše uvedené předměty
• N-AIM-A Applied and Interdisciplinary Mathematics - dvouletý navazující magisterský studijní program, Double Degree program ve spolupráci s University of L'Aquila v Itálii (v anglickém jazyce)
  • přijímáme absolventy bakalářského studijního programu Matematické inženýrství, kteří vycestují s podporou Erasmus+ a neplatí oficiálně avizovaných 3000 EUR ročně
  • přijímáme absolventy bakalářského studijního programu Základy strojního inženýrství, kteří si v rámci svého bakalářského studia zapíší a absolvují předměty:
    • zimní semestr:
      • SDM Metody diskrétní matematiky (*)
      • S1P Pravděpodobnost a statistika I (*)
      • SPD Parciální diferenciální rovnice (*)
    • letní semestr:
      • SOA Obecná algebra (*)
      • SU1 Funkcionální analýza I (*)
    • doporučení pro strojaře, kteří chtějí studovat navazující magisterské Applied and Interdisciplinary Mathematics:
      • ​zvládnout všechny předměty Základů strojního inženýrství za 3 roky bakalářského studia
      • buď si zapsat a zvládnout absolvovat výše uvedené předměty během standardního tříletého studia
      • nebo si naplánovat odevzdání bakalářské práce o rok později a v tomto roce "navíc" si zapsat a absolvovat výše uvedené předměty
      • strojaři z FSI pak vycestují s podporou Erasmus+ a neplatí oficiálně avizovaných 3000 EUR ročně
    • přijati mohou být absolventi jiných univerzit, vyplňují přihlášku přímo na stránkách University of L'Aquila 
• N-MAI-A Mathematical Engineering - dvouletý navazující magisterský studijní program (v anglickém jazyce)
• D-APM-P Aplikovaná matematika - čtyřletý doktorský studijní program (v českém jazyce)
• D-APM-A Applied Mathematics - čtyřletý doktorský studijní program (v anglickém jazyce)